疲弊した母星に代わる新天地を求めて宇宙に出た植民船パイオニア１は、ラグオルという星に辿り着き、植民活動を始める。数年後、第二次植民船パイオニア２がラグオルに到着。地表と連絡を取ろうとした瞬間、ラグオルで謎の大爆発が起こり、一切の連絡は途絶えた。プレイヤーはハンターズと呼ばれる冒険者の一人となり、ラグオルで起きた事件の真相に迫っていく……。
「What's PSO ?」で書いたとおり、ストーリー性は低い。これは繰り返しプレイすることが前提になっているので、やむを得ないだろう。オフラインでは様々なクエストをプレイすることで、この世界の様々な事件を知ることができる。
エピソード１以後の物語（具体的にどのぐらい後かは明言されていない）。
ラグオルから、謎の通信が入った。発信人は、すでに死んだはずの人物。パイオニア２のラボは総督府を通さず、ハンターズに調査を依頼する……。
エピソード１とは違い、ストーリー性が強い。そのせいかどうかはわからないが、クエストはない。エピソード１のクエストで登場したエリやノルが登場する。彼女らの立場の変化から、少なくともエピソード１より数カ月後であると判断できる（数年経っていてもおかしくない）。